Bununla birlikte, SMS onayının bazı dezavantajları da vardır. Öncelikle, bu yöntem, kullanıcıların telefon numaralarını paylaşmasını gerektirir. Telefon numarası, gizlilik endişelerine neden olabilir ve istenmeyen iletişimlerin alınmasına yol açabilir. Ayrıca, bazı durumlarda, SMS onayı güvenlik açıklarına karşı savunmasız olabilir. Örneğin, SIM kart klonlama saldırıları gibi tekniklerle, saldırganlar SMS iletilerini ele geçirebilir ve hesapları ele geçirebilir.
